Η Ελένη Μερκούρη είναι απόφοιτη του τμήματος Εργοθεραπείας, του Μητροπολιτικού Κολλεγίου Αθηνών, σε συνεργασία με το Queen Margaret University of Edinburgh.
Έχει πραγματοποιήσει τις πρακτικές ασκήσεις της σε Διαγνωστικό και Θεραπευτικό Κέντρο Παιδιών με Αναπτυξιακές, Μαθησιακές και Κινητικές Διαταραχές, στο Γενικό Νοσοκομείο Αττικής Σισμανόγλειο, στο τμήμα Ψυχιατρικής παιδιών και εφήβων, σε κέντρο Νευρολογικής αποκατάστασης ενηλίκων, καθώς και στην Ψυχιατρική Κλινική «Σινούρη».
Έχει παρακολουθήσει σεμινάρια όπως «Αυτισμός και Παιχνίδι (πρόγραμμα ενίσχυσης κοινωνικών δεξιοτήτων μέσω παιχνιδιού)» και «Εφαρμοσμένη Ανάλυσης Συμπεριφοράς (ΑΒΑ)».
Κατέχει πιστοποίηση στη χορήγηση της Δέσμης Αξιολόγησης BOT-2™ (Bruininks-OseretskyTestofMotorProficiency, 2ndEdition) – αξιολόγηση κινητικής ανάπτυξης.